使用樣品馬達台沿樣本的邊沿移動並聚焦，可以定義出感愛好的樣本區域。將配置結果保存為樣品配置文件以供今後使用。自動分析結果將存進分析清單，包括了所有必須的參數，如放大倍數、電子區域大小、掃描速度、檢測閾值、粒子數目、分類規則文件等。自動特征分析（AFATM）功能啟動後，檢測到的粒子將根據形態特征和化學成分信息進行分類。
眼鏡片分析儀則從AFA中接受檢測到的粒子信息。假如AFATM應用程序已完成或停止，利用GSRTM軟件可以檢驗已找到的粒子。
眼鏡片分析儀樣品收集和製備：
樣品的采集過程如下：選擇標有“右手”的采樣柱，往掉保護蓋，除拿柱的手外，不要碰任何東西。從嫌疑人手上收集射擊殘餘物時，將采樣柱露出膠黏劑的一麵穩穩地壓在右手背上，直
至其失往黏性。不要讓采樣柱在皮膚上滑動或旋轉，集中在拇指和食指交匯處的紋狀區域。當粘合劑表麵用過以後，采用完成，將采樣柱重新封裝在容器中。使用“左手”采樣柱，重複上述過程。假如設備包含手掌采樣器，則使 用相同的程序對手掌進行取樣。采樣完成後，可以使用ASPEX的可變壓力設置進行分析，可變壓力（低真空）功能可使樣品無需用碳或黃金等導電金屬塗層。
眼鏡片分析儀符合ASTME1588標準：
作為GSR軟件的一部分，GSRTM報告模板符合ASTME1588標準，報告包括探測到的粒子機器分類的完整清單，此外縮略圖、光譜和粒子數據等也會顯示在報告裏。報告zui後一部分將顯示整版的高分辨率圖像和光譜。更多的參數和質量控製信息可以由用戶自主設置。
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